Al mal estado de conservación, situación (por lo general en el casco antiguo de las ciudades), falta de patios y a veces de espacios amplios, se unió la escasez de presupuestos para su rehabilitación, todo lo cual perjudicó más que benefició a la comodidad y salubridad de la tropa y la eficacia de las unidades. A este hecho se sumó la despreocupación del Estado por el acondicionamiento de estas propiedades.
Las acciones que tuvieron que efectuarse por los organismos civiles y militares, en especial los ingenieros del ejército, además del coste de rehabilitación y posteriores inversiones en su mantenimiento, por lo general muy superior al estimado a causa de la antigüedad de los edificios, tuvieron con frecuencia consecuencias nefastas desde el punto de vista artístico. Sin embargo, algunos inmuebles o partes de ellos se han podido conservar hasta la fecha, gracias a que pasaron a formar parte del estamento militar.
Entre las diversas medidas desamortizadoras que se decretaron en España, la iniciada en 1835 por Mendizábal supuso que en Segovia, en el mes de septiembre de ese año, quedaran suprimidos prácticamente todos los conventos, en tanto que el de San Francisco lo sería en enero de 1836 cuando aún contaba con 24 frailes. Definitivamente, en el mes de febrero se finalizó en la ciudad la tercera exclaustración.